冷却水系统在运转中清洗是将含缓蚀剂的酸或溶剂注入到要清洗的设备的上部。稀酸流通过操作的设备而将垢层去除。酸的注入速度受冷却水流所支配,并由清洗泵处的调节阀控制。这种清洗技术一般用于冷却器或冷却夹套,也用于使用冷却水而产生水垢的其他设备的清洗。
运转中清洗有很大的优点,即可以省掉排料时间,所需人力和清洗用设备也可减少。当进行清洗作业时,可以利用冷却系统的泵将溶液通过系统进行循环。当已经达到所要求的结果时,溶剂经排出口排出,即可恢复系统的正常操作。